En fouinant sur le site US, j'ai trouvé la solution. Il s'agit en fait d'un bug qui sera résolu dans la version 1.3.9 ou 2.0
La solution :
Dans includes/classes/order.php après la ligne 348
ajouter
'shipping_tax'=>0,
Dans includes/modules/order_total/ot_shipping.php après la ligne 67
ajouter
$order->info['shipping_tax'] += $shipping_tax_amount;
Dans includes/modules/order_total/ot_group_pricing.php après la ligne 60
ajouter
if ($this->include_shipping != 'true') $order_total_tax -= $order->info['shipping_tax'];
if ($this->include_tax != "true" && $this->include_shipping != 'true') $order_total += $order->info['shipping_tax'];
J'attire votre attention sur le fait que l'erreur produite par ce bug est très petite, elle passe donc quasiment inaperçue. C'est un client qui m'a alerté.